pca population delimitation practice

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.19.7%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20MY_URL%20%3D%20mo.notebook_location()%0A%20%20%20%20PUBLIC_DIR%20%3D%20MY_URL%20%2F%20%22public%22%0A%20%20%20%20DATA_DIR%20%3D%20%22data%22%0A%20%20%20%20DATA_DIR%20%3D%20PUBLIC_DIR%20%2F%20DATA_DIR%0A%20%20%20%20PASSPORTS_CSV_FNAME%20%3D%20%22tomato_passports.csv%22%0A%20%20%20%20PASSPORTS%20%3D%20DATA_DIR%20%2F%20PASSPORTS_CSV_FNAME%0A%20%20%20%20PCA_CSV_FNAME%20%3D%20%22tomato_pca.csv%22%0A%20%20%20%20PCA_RESULT%20%3D%20DATA_DIR%20%2F%20PCA_CSV_FNAME%0A%20%20%20%20return%20PASSPORTS%2C%20PCA_RESULT%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20numpy%0A%20%20%20%20import%20pandas%0A%0A%20%20%20%20%23%20In%20WASM%2FPyodide%2C%20micropip%20exists%3B%20outside%20it%20may%20not.%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20WASM%20path%3A%20install%20deps%20then%20import%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22plotly%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%22scatter3d-anywidget%22)%0A%0A%20%20%20%20except%20ImportError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Not%20running%20in%20Pyodide%2FWASM%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20import%20plotly.express%20as%20px%0A%20%20%20%20import%20scatter3d%0A%20%20%20%20return%20numpy%2C%20pandas%2C%20px%2C%20scatter3d%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Population%20delimitation%20practice%0A%0A%20%20%20%20We%20have%20been%20tasked%20with%20analyzing%20some%20tomato%20genebank%20accessions.%0A%20%20%20%20From%20their%20%5Bgenotypes%5D(data%2Ftomato_genotypes.zip)%20we%20have%20built%20a%20%5BPrincipal%20Component%20Analysis%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FPrincipal_component_analysis)%20(you%20can%20see%20the%20actual%20PCA%20projections%20at%20the%20bottom).%0A%20%20%20%20PCA%20does%20not%20define%20populations%20by%20itself.%20It%20is%20a%20dimensionality-reduction%20method%20that%20summarizes%20patterns%20of%20genetic%20variation.%0A%20%20%20%20The%20identification%20of%20populations%20is%20therefore%20an%20interpretive%20step%20that%20depends%20on%20how%20we%20read%20and%20delimit%20structure%20in%20the%20PCA%20space.%0A%20%20%20%20We%20have%20also%20data%20regarding%20the%20taxa%20(SP%3A%20%5BSolanum%20pimpinellifolium%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FSolanum_pimpinellifolium)%2C%20SLC%3A%20S.%20lycopersicum%20var.%20cerasiforme%20and%20SLL%3A%20%5BS.%20lycopersicum%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FTomato)%20var%20lycopersicum)%20and%20country%20of%20origin%20of%20the%20accessions.%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Plots%0A%0A%20%20%20%20Once%20we%20have%20done%20the%20PCA%20our%20first%20task%20to%20delimit%20the%20populations%20that%20will%20be%20the%20base%20of%20further%20analyses%2C%20for%20that%20we%20plot%20the%20PCA%20in%20a%203D%20scatter%20plot%20that%20we%20can%20use%20to%20show%20the%20taxa%20and%20country%20categories%20as%20well%20as%20to%20determine%20which%20accessions%20belong%20to%20which%20populations.%0A%0A%20%20%20%20The%203D%20scatter%20plot%20is%20the%20main%20working%20space%20of%20this%20practice.%20You%20will%20use%20it%20to%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20Explore%20genetic%20structure%0A%20%20%20%20-%20Compare%20genetic%20structure%20with%20passport%20information%0A%20%20%20%20-%20Make%20explicit%20decisions%20about%20population%20boundaries%0A%0A%20%20%20%20In%20the%203D%20scatter%20plot%20you%20can%20alternate%20between%20the%20representation%20of%20the%20taxa%2C%20country%20of%20origin%20and%20populations%20using%20the%20dropdown%20menu.%20Also%2C%20you%20can%20use%20the%20plot%20legend%20to%20select%20at%20any%20time%20any%20of%20the%20labels%2C%20like%20the%20SP%20taxa%20or%20one%20particular%20country%20or%20population.%0A%20%20%20%20The%20taxa%20composition%20pie%20chart%20and%20world%20map%20will%20show%20at%20any%20time%20the%20taxa%20and%20country%20of%20origin%20of%20the%20accessions%20labeled%20with%20the%20label%20selected%20in%20the%20legend%20(or%20if%20none%20is%20selected%20the%20composition%20of%20the%20whole%20accession%20collection).%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Population%20delimitation%20in%20the%203D%20scatter%20plot%0A%0A%20%20%20%20When%20the%20%22populations%22%20category%20is%20selected%20in%20the%20drowdown%20menu%20you%20can%20use%20the%20%5Blasso%20tool%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FLasso_tool)%20to%20add%20or%20remove%20accessions%20to%20any%20of%20the%20populations%20(labelled%20from%20pop1%20to%20pop6).%0A%20%20%20%20Using%20this%20tool%2C%20you%20explicitly%20assign%20accessions%20to%20populations%20based%20on%20their%20position%20in%20genetic%20space.%0A%20%20%20%20You%20don't%20need%20to%20create%20six%20populations%20you%20may%20create%20just%20one%20just%20one%2C%20two%2C%20three%2C%20four%2C%20five%20or%20up%20to%20six.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20io%0A%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20pyfetch%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20async%20def%20get_file(path%3A%20str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resp%20%3D%20await%20pyfetch(path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resp.raise_for_status()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20await%20resp.bytes()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20io.BytesIO(data)%0A%0A%20%20%20%20except%20ImportError%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20async%20def%20get_file(path%3A%20str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20keep%20signature%20async%20so%20callers%20can%20always%20await%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20io.BytesIO(open(path%2C%20%22rb%22).read())%0A%20%20%20%20return%20(get_file%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(PASSPORTS%2C%20get_file%2C%20pandas)%3A%0A%20%20%20%20buf%20%3D%20await%20get_file(PASSPORTS)%0A%20%20%20%20passports%20%3D%20pandas.read_csv(buf%2C%20index_col%3D%22id%22)%0A%20%20%20%20passports%5B%22Country%22%5D%20%3D%20passports%5B%22Country%22%5D.replace(%7B%22PER_N%22%3A%20%22PER%22%7D)%0A%20%20%20%20return%20(passports%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(PCA_RESULT%2C%20get_file%2C%20pandas)%3A%0A%20%20%20%20buf2%20%3D%20await%20get_file(PCA_RESULT)%0A%20%20%20%20pca_res%20%3D%20pandas.read_csv(buf2%2C%20index_col%3D%22id%22)%0A%20%20%20%20return%20(pca_res%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(numpy%2C%20pandas%2C%20passports%2C%20pca_res%2C%20scatter3d)%3A%0A%20%20%20%20xyz%20%3D%20pca_res.iloc%5B%3A%2C%20%3A3%5D%0A%20%20%20%20data%20%3D%20pandas.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xyz%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20passports.loc%5B%3A%2C%20(%22Taxon%22%2C%20%22Country%22)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20left_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20right_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20taxa%20%3D%20scatter3d.Category(data.loc%5B%3A%2C%20%22Taxon%22%5D%2C%20editable%3DFalse)%0A%20%20%20%20countries%20%3D%20scatter3d.Category(data.loc%5B%3A%2C%20%22Country%22%5D%2C%20editable%3DFalse)%0A%20%20%20%20populations%20%3D%20scatter3d.Category(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pandas.Series(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20numpy.full((data.shape%5B0%5D%2C)%2C%20%22unclass%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20index%3Ddata.index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D%22populations%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20populations.set_label_list(%5B%22unclass%22%2C%20%22pop1%22%2C%20%22pop2%22%2C%20%22pop3%22%2C%20%22pop4%22%2C%20%22pop5%22%5D)%0A%20%20%20%20widget%20%3D%20scatter3d.Scatter3dWidget(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data.iloc%5B%3A%2C%20%3A3%5D.to_numpy()%2C%20category%3Dtaxa%2C%20point_ids%3Dlist(data.index)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20widget.height%20%3D%20800%0A%20%20%20%20return%20countries%2C%20populations%2C%20taxa%2C%20widget%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20populations)%3A%0A%20%20%20%20get_pop_tick%2C%20set_pop_tick%20%3D%20mo.state(0)%0A%0A%20%20%20%20sub_attr%20%3D%20%22_scatter3d_marimo_pop_sub_id%22%0A%20%20%20%20if%20getattr(populations%2C%20sub_attr%2C%20None)%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20counter%20%3D%20%7B%22v%22%3A%200%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_cb(*_a%2C%20**_k)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20counter%5B%22v%22%5D%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set_pop_tick(counter%5B%22v%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20setattr(populations%2C%20sub_attr%2C%20populations.subscribe(_cb))%0A%20%20%20%20return%20(get_pop_tick%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(countries%2C%20mo%2C%20populations%2C%20taxa)%3A%0A%20%20%20%20cat_dropdown%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B%22taxa%22%3A%20taxa%2C%20%22countries%22%3A%20countries%2C%20%22populations%22%3A%20populations%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22taxa%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20cat_dropdown%0A%20%20%20%20return%20(cat_dropdown%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cat_dropdown%2C%20widget)%3A%0A%20%20%20%20widget.category%20%3D%20cat_dropdown.value%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(widget)%3A%0A%20%20%20%20widget%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pandas%2C%20passports)%3A%0A%20%20%20%20def%20count_countries_in_pop(populations%2C%20widget%2C%20pop)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20classification%20%3D%20pandas.Series(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20populations.values.values%2C%20index%3Dwidget.point_ids%2C%20name%3D%22population%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20class_country%20%3D%20pandas.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20classification%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20passports.loc%5B%3A%2C%20%22Country%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20left_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20right_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pop%20%3D%3D%20%22All%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_country_counts%20%3D%20class_country.loc%5B%3A%2C%20%22Country%22%5D.value_counts()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_country_counts%20%3D%20pandas.DataFrame(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22Country%22%3A%20pop_country_counts.index%2C%20%22n%22%3A%20pop_country_counts%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20country_counts%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20class_country.groupby(%5B%22population%22%2C%20%22Country%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.size()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index(name%3D%22n%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_country_counts%20%3D%20country_counts%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20country_counts%5B%22population%22%5D%20%3D%3D%20pop%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D.loc%5B%3A%2C%20(%22Country%22%2C%20%22n%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pop_country_counts%0A%0A%20%20%20%20def%20count_taxa_in_pop(populations%2C%20widget%2C%20pop)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20classification%20%3D%20pandas.Series(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20populations.values.values%2C%20index%3Dwidget.point_ids%2C%20name%3D%22population%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20class_taxon%20%3D%20pandas.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20classification%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20passports.loc%5B%3A%2C%20%22Taxon%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20left_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20right_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pop%20%3D%3D%20%22All%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_taxon_counts%20%3D%20class_taxon.loc%5B%3A%2C%20%22Taxon%22%5D.value_counts()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_taxon_counts%20%3D%20pandas.DataFrame(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22Taxon%22%3A%20pop_taxon_counts.index%2C%20%22n%22%3A%20pop_taxon_counts%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_counts%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20class_taxon.groupby(%5B%22population%22%2C%20%22Taxon%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.size()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index(name%3D%22n%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pop_taxon_counts%20%3D%20taxon_counts%5Btaxon_counts%5B%22population%22%5D%20%3D%3D%20pop%5D.loc%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3A%2C%20(%22Taxon%22%2C%20%22n%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pop_taxon_counts%0A%20%20%20%20return%20count_countries_in_pop%2C%20count_taxa_in_pop%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20widget)%3A%0A%20%20%20%20get_active_tick%2C%20set_active_tick%20%3D%20mo.state(0)%0A%0A%20%20%20%20sub_attr_active_cat%20%3D%20%22_scatter3d_marimo_active_subscribed%22%0A%20%20%20%20if%20not%20getattr(widget%2C%20sub_attr_active_cat%2C%20False)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20active_cat_counter%20%3D%20%7B%22v%22%3A%200%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_cb(change)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20traitlets%20observer%20signature%3A%20change%20dict%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20active_cat_counter%5B%22v%22%5D%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set_active_tick(active_cat_counter%5B%22v%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widget.observe(_cb%2C%20names%3D%22active_category_t%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20setattr(widget%2C%20sub_attr_active_cat%2C%20True)%0A%20%20%20%20return%20(get_active_tick%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cat_dropdown%2C%20get_active_tick%2C%20get_pop_tick%2C%20mo%2C%20widget)%3A%0A%20%20%20%20%23%20rerun%20when%3A%0A%20%20%20%20%23%20-%20population%20assignments%20change%0A%20%20%20%20%23%20-%20active%20category%20changes%0A%20%20%20%20_%20%3D%20get_pop_tick()%0A%20%20%20%20_%20%3D%20get_active_tick()%0A%0A%20%20%20%20active_category%20%3D%20cat_dropdown.value%0A%20%20%20%20active_category_value%20%3D%20widget.active_category_t%20or%20%22All%22%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Population%20composition%3A%20%7Bactive_category_value%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20active_category%2C%20active_category_value%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20active_category%2C%0A%20%20%20%20active_category_value%2C%0A%20%20%20%20count_countries_in_pop%2C%0A%20%20%20%20count_taxa_in_pop%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20px%2C%0A%20%20%20%20widget%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20country_counts%20%3D%20count_countries_in_pop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20active_category%2C%20widget%2C%20active_category_value%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20taxon_counts%20%3D%20count_taxa_in_pop(active_category%2C%20widget%2C%20active_category_value)%0A%0A%20%20%20%20taxon_pie_fig%20%3D%20px.pie(taxon_counts%2C%20values%3D%22n%22%2C%20names%3D%22Taxon%22)%0A%0A%20%20%20%20geo_fig%20%3D%20px.choropleth(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20country_counts%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20locations%3D%22Country%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20locationmode%3D%22ISO-3%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22n%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_continuous_scale%3D%22Viridis%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.hstack(items%3D%5Btaxon_pie_fig%2C%20geo_fig%5D%2C%20widths%3D%5B1.5%2C%203%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Questions%0A%0A%20%20%20%20How%20many%20populations%20did%20you%20create%3F%0A%20%20%20%20Were%20some%20population%20boundaries%20clear%20while%20others%20were%20ambiguous%3F%0A%20%20%20%20What%20features%20of%20the%20PCA%20(gaps%2C%20gradients%2C%20overlap)%20contributed%20to%20this%3F%0A%20%20%20%20How%20do%20they%20compare%20with%20the%20populations%20created%20by%20the%20other%20students%3F%0A%0A%20%20%20%20Did%20you%20identify%20any%20population%20that%20most%20students%20would%20likely%20delimit%20in%20a%20similar%20way%3F%0A%20%20%20%20When%20most%20people%20would%20agree%20in%20the%20population%20delimitation%20we%20could%20say%20that%20they%20are%20objective%2C%20meaning%20that%20all%2C%20or%20at%20least%20most%2C%20of%20the%20students%20would%20chose%20to%20delimit%20them%20in%20the%20same%20way.%0A%20%20%20%20Sometimes%20philosophers%20would%20refer%20to%20this%20kind%20of%20classes%20as%20%5Bnatural%20kinds%5D(https%3A%2F%2Fplato.stanford.edu%2Fentries%2Fnatural-kinds%2F).%0A%20%20%20%20If%20you%20repeated%20this%20exercise%20one%20year%20from%20now%2C%20do%20you%20think%20you%20would%20define%20the%20same%20populations%3F%0A%0A%20%20%20%20Would%20all%20the%20populations%20that%20you%20created%20be%20natural%20kinds%20or%20objective%3F%0A%0A%20%20%20%20If%20you%20had%20used%20only%20the%20first%20two%20principal%20components%20instead%20of%20three%2C%20how%20might%20your%20population%20delimitation%20change%3F%0A%0A%20%20%20%20Should%20taxon%20and%20country%20of%20origin%20be%20considered%20ground%20truth%20when%20evaluating%20population%20structure%2C%20or%20alternative%20hypotheses%3F%20Explain.%0A%0A%20%20%20%20Among%20the%20populations%20created%20was%20the%20passport%20data%2C%20meaning%20taxa%20and%20country%20of%20origin%2C%20always%20consistent%20or%20you%20could%20have%20spotted%20any%20possible%20errors%3F%20If%20you%20think%20that%20you%20might%20have%20uncovered%20any%20error%20could%20you%20especulate%20about%20what%20could%20have%20caused%20it%3F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Passports%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(passports)%3A%0A%20%20%20%20passports%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20PCA%20projections%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pca_res)%3A%0A%20%20%20%20pca_res%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A